Zákon o finanční kontrole nepředpokládá možnost zplnomocnění jiných subjektů k provedení veřejnosprávní kontroly příspěvkové organizace tak, jak ji předpokládá nejen tento zákon, ale i zákon o rozpočtových pravidlech územních rozpočtů nebo zákon o kontrole. Tyto předpisy nepřipouštějí alternativní způsob provedení kontroly, a proto nelze tuto činnost delegovat na jiný subjekt, např. auditorskou společnost. V případě kontroly hospodaření obcí zákon o obcích možnost přezkumu hospodaření auditorem výslovně předpokládá, zatímco u příspěvkových organizací nikoliv. V případě příspěvkové organizace nelze tedy pro kontrolu ve smyslu zákona o finanční kontrole využít služeb od obce rozdílného subjektu v tom smyslu, že by tuto kontrolu provedl výhradně externí subjekt (je ale možné si odborníka pro vybrané otázka přizvat jako tzv. přizvanou osobu).