Zákon či jiný prováděcí předpis nikterak neřeší problematiku hlasování o protinávrzích. Otázka pořadí hlasování o jednotlivých variantách je pak v zásadě otázkou organizačního charakteru, na kterou neexistuje všeobecně správná odpověď. Nicméně doporučujeme, aby způsob hlasování o protinávrzích byl upraven v jednacím řádu. Jednací řád zastupitelstva obce se vydává ve formě usnesení zastupitelstva obce. Procesní postup vzniku jednacího je naprosto stejný jako v případě kteréhokoliv jiného usnesení.

Dle výkladové praxe Ministerstva vnitra bývá v praxi obvykle hlasováno nejprve o protinávrhu a teprve poté o původním návrhu usnesení. Pokud je přijat protinávrh nadpoloviční většinou všech členů zastupitelstva obce, je logické, že není třeba již o původním návrhu hlasovat. Pokud bylo hlasováno nejprve o původním návrhu, ten byl nadpoloviční většinou všech členů zastupitelstva obce přijat, načež o protinávrhu hlasováno vůbec nebylo, nelze z toho podle našeho názoru dovozovat neplatnost přijetí usnesení vztahujícímu se k původnímu návrhu.  Pro hlasování je důležité, aby zastupitelé věděli o možnostech, které mohou zvolit a měli být o všech možnostech již před hlasováním o první z variant řádně informováni.