Nový stavební zákon (zákon č. 283/2021 Sb.) skutečně stavoví v ustanovení § 255 odst. 4, že řízení o dodatečném povolení stavby je součástí řízení o nařízení odstranění stavby.

Podle ustanovení § 79 odst. 5 správního řádu platí: „Povinnost nahradit náklady řízení paušální částkou uloží správní orgán účastníkovi, který řízení vyvolal porušením své právní povinnosti. Prováděcí právní předpis stanoví výši paušální částky nákladů řízení a výši paušální částky nákladů řízení ve zvláště složitých případech nebo byl-li přibrán znalec. V případech hodných zvláštního zřetele lze výši paušální částky na požádání snížit.“

Skončí-li řízení o nařízení odstranění stavby, jehož součástí je dodatečné povolení stavby, dodatečným povolením takové stavby, odpadne důvod pro vedení řízení o nařízení odstranění stavby a stavební úřad by jej měl zastavit (v rámci rozhodnutí o dodatečném povolení stavby).

Zpravidla platí, že v případě, kdy je řízení z moci úřední zahajované z důvodu porušení povinnosti zastaveno, neukládá se povinnost nahradit náhradu nákladů řízení paušální částkou. Tuto paušální částku aktuálně stanoví ustanovení § 6 vyhlášky č. 520/2005 Sb., o rozsahu hotových výdajů a ušlého výdělku, které správní orgán hradí jiným osobám, a o výši paušální částky nákladů řízení, ve znění pozdějších předpisů. Nový stavební zákon toto výslovně neřeší. Nicméně dojde-li k dodatečnému povolení stavby, odpadne důvod pro vedení řízení o nařízení odstranění stavby. Za těchto okolností by neměl stavební úřad uložit povinnost nahradit náklady řízení o nařízení odstranění stavby, jelikož toto řízení bude zastavováno.

Pro úplnost je vhodné upozornit na to, že podle zákona č. 634/2004 Sb., o správních poplatcích, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „zákon o správních poplatcích“), podléhá dodatečné povolení vyššímu správnímu poplatku než povolení standardního záměru. Výši tohoto poplatku upravuje příloha – Sazebník – Část I. – Položka 18 bod 12. zákona o správních poplatcích.